Elektronická kniha môže byť vydaná v rôznych formátoch. Medzi najtypickejšie patria ePUB a MOBI, ktoré zachovávajú sadzbu knihy aj pri zmene veľkosti písma. Rozšíreným formátom je aj PDF, v ktorom sa publikuje väčšina dokumentov na počítači. Čím viac typov súborov čítačka podporuje, tým širšia bude možnosť použitia.