Lena (Emma Watson) je letuškou a i když je německou občankou, jejím druhým domovem je Chile. V této zemi totiž žije i její partner Daniel (Daniel Brühl). Je rok 1973, v čele země stojí levicový prezident Salvador Allende a jeho vláda silně rozděluje společnost. Daniel stojí na jeho straně a aktivně se účastní politických mítinků a demonstrací. Pak ale přijde násilný převrat vedený generálem Pinochetem, který zavádí v zemi vojenskou diktaturu. Během zatýkání levicových aktivistů dojde i na Daniela a Lenu.
Lena je po čase propuštěna, ale Daniel se ztratí neznámo kde. Lenu pátrání po jeho osudu zavede až k branám podivné náboženské kolonie Dignidad. Tu založil a vede bývalý nacistický lékař a současný evangelický kazatel Paul Schäfer (Michael Nyqvist). Lena do kolonie vstoupí jako dobrovolnice s jediným cílem - najít Daniela a osvobodit jej z přísně střeženého komplexu.
Snímek Kolonie Oscarem oceněného režiséra Floriana Gallenbergera je drama inspirované skutečnými událostmi. V kolonii Dignidad, docházelo k mučení Pinochetových odpůrců a k sexuálnímu zneužívání dětí.